Применение высокопроизводительного суперкомпьютера для установления четкой структуры ВИЧ (вируса иммунодефицита человека) поможет находить новейшие методы исцеления и достигнуть прорыва в борьбе со СПИДом (синдром обретенного иммунодефицита).

Расчеты проводились исследователями Мед школы Института Питтсбурга и сотрудниками Института Иллинойса, где установлен петафлопный гибридный суперкомпьютер Blue Waters.

Четкая хим структура белковой оболочки была смоделирована набором из 4 миллионов атомов, объединенных в пента- и гексагональные белковые цепочки. Общее количество неповторимых протеинов составило около 1,3 тыщи. Расчет настолько огромного количества взаимодействующих частиц за применимое время просит колоссальных мощностей. «Вычислительная мощность, использованная для проведения моделирования, стала рекордной за всю историю научных тестов - учитывалось взаимодействие 64 миллионов атомов», - сказал Клаус Шультен (Klaus Schulten), доктор физики Института Иллинойса.

Комп Blue Waters сделан компанией Cray и относится ко второму поколению суперкомпьютеров. Он установлен в здании площадью 8,2 тыщи квадратных метров, машинный зал имеет площадь 1,9 тыщи квадратных метров. Система состоит из набора вычислительных модулей Cray XE6 и XK7, также графических процессоров NVIDIA Tesla K20X. Применение специализированных графических процессоров для расчета физических действий, а не только лишь визуализации, позволило существенно повысить мощность суперкомпьютеров в неких задачках.

Стройку суперкомпьютера Blue Waters обошлось в 188 миллионов баксов. Эксплуатация HPC-компьютера (High Performance Computing) началась в 2012 году. Он обеспечивает вычислительную мощность около 1 петафлоп на настоящих задачках, докладывает Digit.ru со ссылкой на данные Государственного центра использования суперкомпьютеров.